Ces dernières années, l'Union africaine (UA) est devenue le principal interlocuteur de l'Union européenne en ce qui concerne les questions panafricaines.

L'UA compte 53 pays membres, qui en assurent la présidence à tour de rôle pendant un an, ainsi que plusieurs organes administratifs :

• l'Assemblée, qui comprend les chefs d'État et de gouvernement et définit les principales priorités politiques de l'UA;
• le Conseil exécutif, qui comprend les ministres des affaires étrangères;
• le Conseil de paix et de sécurité, qui se concentre sur les situations de conflit;
• le Comité des représentants permanents et ses comités techniques spécialisés, qui représentent les 53 pays membres;
• la Commission, qui coordonne et met en œuvre les décisions prises à haut niveau;
• le Parlement panafricain, qui agit à titre consultatif, mais qui pourrait se transformer, à terme, en un organe législatif à part entière;
• le Conseil économique, social et culturel, qui se compose de représentants de la société civile, assistés par le CIDO (direction des citoyens d'Afrique, qui est le département de la Commission de l'UA chargé des relations avec la société civile et la «diaspora»).

La Commission de l'UA est le principal organe exécutif du partenariat stratégique Afrique-UE; elle agit dans le respect des orientations politiques définies par son président, Jean Ping, et les pays membres de l'Union africaine.

Outre les institutions de l'UA, le secrétariat du NEPAD (Nouveau partenariat pour le développement de l'Afrique) et les Communautés économiques régionales (CER) jouent également un rôle prépondérant en faveur de l'intégration économique du continent.